بکارگیری روش دینامیک مولکولی در مطالعه ساختار- فعالیت

در این پایان نامه، مطالعه 4d-qsar بر روی دو مجموعه از بازدارنده های گرم منفی lpxc به عنوان داروی آنتی بیوتیک و بازدارنده های pi3k با خاصیت ضد سرطانی انجام شده است. بعد چهارم در این روش مدلسازی، مربوط به نمونه برداری از مجموعه صورت بندی ها می باشد. این روش به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی، به جای استفاده از یک صورت بندی منفرد، از یک مجموعه صورت بندی نمونه برداری شده برای هر ترکیب، استفاده می کند. برای مجموعه صورت بندی های تولید شده برای هر ترکیب، توصیف کننده های سه بعدی از نوع انرژی الکترواستاتیک و واندروالس تولید می شود. در مطالعه اول، به علت انعطاف پذیری ساختاری مولکول ها، یک روش ترازبندی خوشه ای بر مبنای روش انطباق اتمی، پیشنهاد شد و از صورت بندی dock شده فعالترین لیگاند درون پاکت پروتئینی استفاده شد. همچنین مطالعه docking، جهت تعیین موقعیت های ساختاری ضروری به هنگام اتصال بازدارنده ها به گیرنده، صورت گرفت. در مطالعه دوم، ترازبندی ترکیبات با در نظرگرفتن نقاط مهم در برهم کنش با پروتئین مربوطه بر اساس انطباق اتمی، صورت گرفت. در هر دو مطالعه به منظور مقایسه و تحلیل نتایج، مدل سازی comfa که یکی از رایج ترین روش های 3d-qsar است، انجام شد. قابلیت پیش گویی خارجی مدل های ساخته شده، علاوه بر آنالیز مجموعه آزمون با روش های متنوعی مورد ارزیابی قرار گرفت. تعداد متغیرهای کم، پارامترهای آماری و قابلیت پیش گویی بسیار خوب مدل های ساخته شده، نشانگر کیفیت بالای این مدل ها می باشند. به علاوه نقشه های گرافیکی حاصل از فرآیند مدل سازی، خطوط راهنمای خوبی جهت طراحی بازدارنده های جدید با پتانسیل وگزینش پذیری بیشتر را فراهم کرده اند.